Кафедра ботаники и физиологии растений была основана в 2005 году в результате слияния кафедры физиологии растений и Ботанического учебно-научного центра. В настоящее время её возглавляет кандидат сельскохозяйственных наук Маткаримова Анарджан Абдикаримовна. Ботанический учебно-научный центр был создан в 1995 году на базе кафедры высших растений, созданной в 1924 году. Основателем и первым заведующим кафедрой высших растений был профессор Михаил Григорьевич Попов. Он возглавлял кафедру с 1924 по 1926 год. Затем кафедру возглавляли доктор биологических наук, профессор, заслуженный деятель науки Узбекистана, академик АН РУз Евгений Петрович Коровин (1926-1961), доктор биологических наук, профессор, заслуженный деятель науки Узбекистана, член-корреспондент. Академии наук Узбекистана, Ипполит Иванович Гранитов (1961-1980), кандидат биологических наук, профессор Хошим Мелиевич Ахунов (1980-1995), доктор биологических наук, профессор Уктам Пратович Пратов (1995- 2005).
